Bediüzzaman iki buçuk sene kadar Sibirya taraflarında esarette kalır. Ama yine dini çalışmalarına esir kampında da devam eder. Bir gün 90 kadar mahkuma İslam dini ve imanı anlatırken, cezaevinin komutanı gelir,, siyasi çalışma yaptıklarını zannederek ağır cezalar vermek ister, ancak yaptıklarının siyasi çalışma değil, dini ve ahlaki çalışmalar olduğunu anlayınca bundan vaz geçer. Bediüzzaman nihayet, zorlu, cefalı esaret günlerinden firar ederek kurtukur. Önce Petersburg'a gelir, sonra Varşova, Viyana yolu ile 1918 yılında İstanbul'a gelir. Bediüzzamn tekrar İstanbul'a gelince halk bundan ziyadesiyle memnun olur. Kendisine haber verilmeden İslam akademisi yönetim kuruluna kaydı yapılır. Orada mehmet Akif, Elmalı Hmdi Yazır gibi fikir ve alimler vardır. Akademi'de ilk günlerini kendisi de bir alim olan amcası oğlu Abdurrahman efendi şöyle anlatıyor: Bediüzzaman Sibirya esaretinde epey yıpranıştı. Ayrıca firardan dolayı yol yorgunluğu cefasını henüz üzerinden atamamıştı. Bundan dolayıı akademide'ki görevinden istifa etmek istiyordu. Ancak bizim ricamızla bundan vaz geçti. Esasen Molla Said, Volga nehri kenarında, esaret altında kaldığı günlerde, dev gibi büyük ağaçların bulunduğu ormanlık bölgede, karanlık gecelerde, nehrrin ve ormanın haşmetli,ürkütücü ortamında, sosyal hayatta artık dahil olmayacağına karar vermişti Şöyle düşünnüyordu: Madem öleceğiz, bu dünya fani, geçici, heva heves boştur, buradan kurtulsam, yanız tek başıma yaşayacağım diyordu. Ancak çevresi tasarladığı yaşam tarzına müsaade etmediler. Bir nevi bir İslam akademisi olan bu kurumda alimler aylık maaş alıyordu. Bediüzzaman'da maaş alıyordu. Ancak aldığı maaşın çok az bir kısmını gıdasına harcıyor, geri kalanını muhtaç durumda olanlara dağıtıyordu. Niye böyle yapıyorsun, maaşının hepsini harcamiyorsun,veya artırmiyorsun diyenlere, israf büyük bir haramdır, dinimizde yeri yktur derdi. Bu yaşam ve düşünce tarzı İslam ve Kur'an'ın ilkelerine, şartlarına uyan bir davranıştır. Zira kutsal kitap Kur'an'da mal biriktirmek, ancak toplumun yararlanması şartıyla helaldır. Bediüzzaman akademide yanlış fetvalara karşı koyar, mücadele ederdi. Halkı Yabancı kültürlerin tesirinden korumak için risaleler yazardı. Çok cesurdu. Hhç bir tehdite pabuç bırakmaz, tüm yaşamı boyunca adeta kefeni boynuna takmış, ölümü göze almıştır. Sürekli ölümü düşünürdü. Bu olgudan ders almak için sık sık Eyüp Sultan mezarlığına gider, bu tarihi mezarlığın haşmeti kendisini oldukça etkilerdi. Şöyle düşünürdü, bizde bir gün bu mezalıkta yatanlar gibi öleceğiz, ibret almalıyız. Mezarlığın bulunduğu yüksek tepeye çıkar, bir yandan İstanbul'a bakar, bir yandan tarihi mezarlığa bakar, düşünür, belki bu mezarlığa şimdiye kadar İstanbul'da yaşayan yüz misli insan bu mezarlığa girmiştir. Çok sevdiğim İstanbul'dan bir gün ayrılacağım, öleceğim mezara gireceğim diye düşünür. Bundan dolayı dünya malına, hırs, hevese hiç önem vermez. Devam edecek